Elle bénéficie d'un label IGP depuis 2010.À l'origine la saucisse de Morteau est produite sur les plateaux et montagnes du massif du Jura du Haut-Doubs à une altitude supérieure à 600 mètres.

La ville de Morteau se retrouve précisément au centre de l'aire traditionnelle des tuyés.(Ferme traditionnelle du Haut-Doubs en Franche-Comté des maisons Comtoises de Nancray, avec sortie de tuyé sur le toit).

En 2006 une demande d'IGP est formulée sur ce produit et est obtenue en août 20101. La zone de production a ainsi été étendue à la seule Franche-Comté en totalité, incluant ainsi les saisonniers de la plaine afin de clarifier le marché et les situations conflictuelles entre fabricants « du haut » et ceux « du bas »la saucisse de Morteau est produite à partir de porcs franc-comtois, parce que dans cette région de montagne, le porc est engraissé traditionnellement.

Anciennement pour avoir le label saucisse de Morteau, il fallait que ce produit soit fumé 48 heures au moins à la sciure de bois de résineux et genévrier exclusivement dans un tuyé.

La saucisse n'y cuit pas car la combustion lente est accompagnée d'un fort courant d'air.La saucisse de Morteau se reconnaît à la cheville de bois qui en obture une extrémité et la médaille qui fait mention de son fabricant.

Elle bénéficie toujours de sa cheville de bois caractéristique ainsi que de son écusson portant les mentions de son fabricant, seule personne habilitée à la fabriquer, ce dernier respectant alors un cahier des charges strict dont l'association A2M est garante par le biais de sa politique de défense et de promotion des produits de Franche-Comté.